생물학 실험 세균의 동정(균동정)

생물학 실험 세균의 동정(균동정) [생물학 실험] 세균의 동정(균동정).hwp 목차 1. Title : 세균의 동정 2. Date 3. 실험 목적 4. 실험의 원리 및 이론 5. 실험 방법 1) Genomic DNA의 분리 : 16S rRNA를 coding하는 16S rDNA을 cloning하기 위해서 2) PCR (Polymerase chain reaction) 3) 염기서열 결정 6. Results 7. Discussion 8. Reference 본문 - 위 실험은 enrichment한 균의 상등액을 취해서 streaking하고 그것의 colony중 다른 두 종의 colony를 각 1개씩 따서 CO 환경 (mineral media)에서 배양한 것을 대상으로 했다. -(3조) 두 종의 colony에서는 CODH(CO dehydrogenase)가 검출되지 않았으며(lane 11~15), metagenome추출 실험 때 쓰였던 것 에서는 해당 band가 확인되었다. (lane 16, 17) - Degenerate Primer Sequence (1) OMPf 5-GGC GGC TT(C/T) GG(C/G) AA(C/G) AAG GT-3 (2) BMSf 5-GGC GGC TT(C/T) GG(C/G) TC(C/G) AAG AT-3 (3) O/Br5-(T/C)TC GA(T/C) GAT CAT CGG (A/G)TT GA-3 - 채취한 colony 2종과 metagenome에 대하여 1-3 과 2-3 조합으로 나누어 시행하였다. - (3조) metegenome의 gene에서만 CODH가 검출되었으므로 그것을 template로 하여16S rDNA sequence실험을 진행하였다. - (lane 8)1.5kb 부근에서 흐릿하게 band가 확인되었다. (16S rDNA는 1541bp) 7. Discussion -CODH 검출실험에서 lane 11~14에서 no band인 이유 본문내용 근의 세균의 동정은 16S rRNA 유전자 분석에 크게 의존하고 있다. 현재까지 알려진 세균의 상당수는 종의 표준 균주에 대하여 16S rRNA 유전자의 염기서열이 분석되어 있다. 결과적으로 동정하고자 하는 균주의 16S rRNA 유전자를 분석하면, 이 균주가 전체 세균 중에서 어느 종에 가까운지를 알 수 있게 된다. 현재 국제적인 합의 (학문적)에 의해 2차 구조를 이용한 정확한 염기서열 정열 후에 유사도가 97% 이하이면 다른 종으로 볼 수 있다. 하지만, 97% 이상이라고 하여 꼭 같은 종인 것은 아니므로, 이때는 다른 분류학적 정보를 이용해야 한다. 이외에 자동화된 동정 시스템으로 MIDI (지방산분석), BIOLOG, API 등이 있다. 이들은 일부 그룹의 세균의 동정에 적합하나, 16S rRNA 참고문헌 8. Reference (Rep-PCR) http://www.msu.edu/%7Edebruijn/loadr.html Michigan State University and The DOE- Plant Research Lab